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本文目录一览：

• 1、DNA甲基化测序方法介绍
• 2、谁知道测DNA甲基化的方法?
• 3、简化甲基化测序和甲基化测序的区别
• 4、dna甲基化检测原理及方法?
• 5、甲基化测序
• 6、甲基化检测的检测程序

DNA甲基化测序方法介绍

该技术是指对基因组上CpG岛或CpG甲基化较密集的区域进行靶向测序。样本首先经几种限制酶进行消化处理，然后经重亚硫酸盐处理，最后再测序。这种方法可以发现单个核苷酸水平的甲基化。

一般情况下，是用甲基化酶缺陷型的大肠杆菌，所生产出来的完全没有被甲基化的λ（噬菌体）DNA，或者pUC19（质粒）DNA做内参。来看一次实验当中C的转化效率。一般情况下，实验当中是加入1%的完全没有甲基化的λ DNA做内参。

图 1 重亚硫酸盐转化&克隆测序[7]基于高通量测序的全基因组 DNA 甲基化检测方法 接下来，我们看一下第四个问题的另一种答案，我们用高通量测序来检测全基因组的 DNA 甲基化。

通过电泳检测MSP扩增产物，如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能得到扩增片段，则说明该位点存在甲基化；反之，说明被检测的位点不存在甲基化。

谁知道测DNA甲基化的方法?

1、MeDIP是一种采用抗体或甲基化DNA结合蛋白来捕获富集甲基化DNA的技术，这种技术可以发现基因组中高度甲基化的区域，如CpG岛，但不能进行单个碱基水平的分析。

2、DNA甲基化的检测原理主要基于两种方法：甲基化特异性酶切和甲基化特异性结合。甲基化特异性酶切：该方法利用DNA甲基化与未甲基化DNA的敏感性差异，通过特定的限制性内切酶进行酶切反应。

3、亚硫酸氢盐测序法（Bisulfite sequencing PCR，BSP）用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，则未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变。

4、需要去专门的检测机构或者医院检查。DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。

5、MBD-seq和MeDIP-seq是具有代表性的基于亲和性的方法。 基于亲和力的方法不适合在单细胞规模上应用 ，因为这些方法基于DNA片段产生平均DNA甲基化谱，这不允许区分单个细胞中DNA甲基化模式的差异。

简化甲基化测序和甲基化测序的区别

目前研究中常用的DNA甲基化测序方法包括全基因组（WGBS、oxWGBS等）、简化基因组（dRRBS、RRBS、XRBS等）、靶向基因组（液相捕获）、靶向基因（TBS）和850K芯片等，适用于多种不同应用场景。

亚硫酸盐是甲基化探测的“金标准”，不管是芯片或者甲基化测序，都要先对DNA样品进行亚硫酸盐处理，使非甲基化的C变成U，而甲基化的C保持不变，从而在后续的测序或者杂交后区分出来。

未甲基化DNA序列容易被酶切，而甲基化的DNA则不易受酶切。然后，通过聚合酶链反应PCR或者核酸杂交等方法来检测酶切产物，从而确定DNA区域的甲基化状态。

我们都知道，DNA 甲基化可以调控基因表达，因此检测 DNA 甲基化至少可以为解释基因表达的调控提供一些线索。

另一种是将甲基化的C碱基转化为T。目前市场上还是以未甲基化的C碱基做转化的方法为主流，这其中以重亚硫酸盐处理的方法被大家认为是甲基化测序的“金标准”。

dna甲基化检测原理及方法?

该技术是指对基因组上CpG岛或CpG甲基化较密集的区域进行靶向测序。样本首先经几种限制酶进行消化处理，然后经重亚硫酸盐处理，最后再测序。这种方法可以发现单个核苷酸水平的甲基化。

DNA 去甲基化有两种方式： 1) 被动途径： 由于核因子N F 粘附甲基化的DNA ， 使粘附点附近的DNA不能被完全甲基化， 从而阻断DNM T1 的作用； 2) 主动途径： 是由去甲基酶的作用， 将甲基集团移去的过程。

样本检测合格后，使用Bioruptor系统将1g样品基因组DNA与未甲基化的lambda DNA混合，然后将其片段化，平均大小约为250bp。片段化后，纯化的随机片段化DNA随后用T4 DNA聚合酶，Klenow片段和T4多核苷酸激酶的混合物进行修复，钝化和磷酸化末端。

其主要原理是：亚硫酸氢盐可以将没有甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶，而在适当的实验条件下甲基化的胞嘧啶保持不变。

甲基化测序

1、甲基化C碱基在基因组上的分布包含三种形式（CG， CHG和CHH，其中H代表A 或T或C碱基）。就这个意思在植物中的甲基化分三种类型：CG，CHG，CHH，其中C是加上甲基的胞嘧啶，H是任何除了G之外的核苷酸残基。

2、灵活度高能够直接对任意物种的高甲基化片段进行测序无需已知的基因组序列信息。检测范围广覆盖整个基因组范围的甲基化区域。精确度高能够在实际结合位点50个碱基范围内精确定位。

3、(1)全基因组重亚硫酸盐甲基化测序(WGBS)全基因组重亚硫酸盐甲基化测序(WGBS)可以在全基因组范围内精确的检测所有单个胞嘧啶碱基(C碱基)的甲基化水平，是DNA甲基化研究的金标准。

4、常用的DNA甲基化检测方法包括：甲基化特异性PCR（MSP）、全基因组甲基化测序（WGBS）、甲基化敏感限制性内切酶联PCR（MSRE-PCR）、甲基化特异性聚合酶链反等。

甲基化检测的检测程序

1、将基因组用重亚硫酸盐处理后测序，即可根据单个 C 位点上未转化为 C 未转化为 T 的 reads 数目与所有覆盖的 reads 数目的比例，计算得到甲基化率。

2、和RNA-seq前期流程类似 -- 质控、去接头、比对参考基因组、排序 后期就是要提取甲基化位点，包括CpG、CHG、CHH三种context，H代表非G位点（A、C、T）。

3、Bisulfite Sequencing PCR，BSP是指BSP克隆测序法。BSP实验原理：BSP克隆测序法，是目前甲基化检测的金标准。

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